freesurfer 安裝教學：在 mac catalina 10.15.2 安裝 freesurfer、下載 freesurfer

freesurfer目前只有支援linux以及mac os系統，要在windows上跑的話需要用虛擬機開。

如果沒有安裝matlab的人，建議可以先跳到第五步安裝matlab，因為freesurfer需要matlab作為依賴。

第一步：確認 XQuartz 的版本是否正確

先確認mac的版本，點左上角的蘋果符號，確認手上這台蘋果電腦的版本。

根據官方教學，

• 版本為10.6-10.9的要用XQuartz 2.7.5
• 版本為10.10以上的要用XQuartz 2.7.6

> macOS 版本

我的版本是catalina 10.15.2，需要確認我的XQ是不是2.7.6。

打開Finder

英文路徑：Applications -> Utilities -> XQuartz.

中文路徑：應用程式 -> 工具程式 -> XQuartz.

對XQuartz按右鍵，取得資訊。

我的XQuartz是2.7.11，先暫時保留，如果下面安裝出錯，再去下載XQuartz 2.7.6


> mac 工具程式

第二步：下載 freesurfer 安裝程式 + 獲得 License

進入下載頁面，下載表格中的穩定版的安裝檔就好

> 下載freesurfer


趁著安裝檔在下載，沒事做的時候確認一下電腦的條件：

安裝部分：

• 安裝至少要有10GB的空間，沒空間就清理一下，順便說如果太滿，電腦容易壞掉
• 電腦也要有matlab軟體，matlab需要金鑰，所以有學生身份就用學生身份，公司有買就用公司的。

效能部分：

• 處理器至少2GHz，這個一般可以達到
• 記憶體推8GB，這個好像也可以
• 顯示卡要有OpenGL的驅動，雖然不清楚是什麼，但可以把自己的顯卡型號一起拿去查，Intel Iris Plus Graphics 650 可以用。

獲得 freesurfer 的 License：

這一步我自己是在最後才做的，但其實前面這邊在等下載的時候，可以先弄，這樣不至於發呆哈哈。

去freesurfer Download，找 License 的段落，點連結、填資料。資料不難填，查一查就知道該填什麼了。


> 獲取License連結

填完之後，按下Agree，理論上會拿到license.txt。

等等安裝好freesurfer，再把txt檔放到freesurfer程式的資料夾。

第三步：想辦法打開安裝程式安裝

找到下載的安裝檔，freesurfer-Darwin-OSX-stable-pub-v6.0.0.dmg，點兩下安裝。

mac麻煩及安全的地方在於，如果是沒有認證的軟體，預設是會禁止安裝的，所以第一次安裝通常會被擋住，就跟其他被擋的程式一樣，按左上角的蘋果 -> 系統偏好設定 -> 安全性與隱私權，按強制打開。


> mac系統偏好設定

接著就一直按繼續到安裝完成為止。

接著打開finder的應用程式資料夾，把上一步下載的license.txt檔，剪下貼到同層資料夾下。


> mac 應用程式資料夾

第四步：休息一下

到這邊，如果是新手，光搞定下載就會有點小痛苦了，所以想先休息一下，後面還有剩下一些設定，如果之前從來沒碰過終端機的人，可能會看得辛苦一點，而且可能還有些人matlab還沒裝，所以等一下第五步會說明如何下載matlab，第六步才是調整設定，之後沒意外就可以開始用freesurfer啦。

第五步：安裝matlab(台大工學院學生版)

我試過，菸酒生是ok的。

也許其他學院的可能也可以試試，因為我目前確定的就是工學院的學生可以使用。

台大工學院 matlab申請+安裝 完整教學：http://www.mse.ntu.edu.tw/attachments/article/1093/MATLAB全系所授權單機版安裝說明(登入官網下載).pdf

先申請 + 寄信申請金鑰

• 5-1 去www.mathworks.com建立帳號，申請帳號要用學校@ntu.edu.tw的信箱

> mathworks 網站

• 5-2 去信箱認證帳號
  
• 5-3 寄信給鈦思科技
  

  鈦思科技承辦: 賴小姐
  
  Email: pony.lai@terasoft.com.tw
  

  信件標題
  

  [NTU-OO系(請填入所屬系所)] MATLAB &Simulink 單機版安裝申請
  

  信件內文
  

  • 賴小姐您好，
  
  • 我想要申請MATLAB &Simulink 單機版安裝，並已建立好Mathworks帳號，
  
  • 詳情如下:
  
      • 姓名:
  
      • 職稱:
  
      • 學號(教職員無須填寫):
  
      • 年級(教職員無須填寫):
  
      • 連絡電話:
  
      • Mathworks帳號(Email):
  
      • Mathworks帳號註冊First Name(英文):
  
      • Mathworks帳號註冊Last Name(英文):
  
  • 請協助申請MATLAB &Simulink 單機版，如果有任何問題請與我聯絡，謝謝
  

  我一直在想這些點點可不可以刪掉…

• 5-4 等回信
  對方效率超高的，基本一個工作天內就會完成，像我就是半夜申請，隔天早上10點前就完成授權了。
  
  > 認證通過回信
  

下載 + 安裝matlab

完成授權，就可以在網站上下載matlab，記得選對作業系統，我選擇的是最新版R2019b。

認證就輸入申請的帳號。

安裝過程，我沒有安裝其他tool box，可以根據實驗室需求自行選擇tool box下載，因為matlab下載完成後，再去下載tool box的方式會比較麻煩一點。

我自己是因為不是很想寫matlab(畢竟不是免費的程式)，所以能用其他語言就用其他語言做事，所以就先不裝了:p。

第六步：執行 設定環境變數 的腳本

在第六步之前，matlab一定要先裝好，不然執行指令會出現

xxx/matlab/startup.m does not exist ... creating

就剩最後設定環境變數，需要用到命令列操作。不會很難，因為設定都已經寫在腳本裡了，要做的只是執行腳本而已。

啟動台打開，找終端機(Terminal)，找到就將它打開，如果找不到就用上方搜尋，打「Terminal」。


> 啟動台搜尋畫面

接著在命令列複製貼上這兩行，空格照樣打就對了。

第一行用FREESURFER_HOME這個變數存freesurfer的路徑。

export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

第兩行是執行SetUpFreeSurfer.sh這個shell腳本，這個腳本很短，他是去呼叫FreeSurferEnv.sh這個腳本，開始設定環境。

> SetUpFreeSurfer .sh

不過單單只有在終端機export變數$FREESURFER_HOME的話，把終端機網頁重開，就要再重新export一次變數，如果想永久使用的話，就要再用上其他命令列的技巧喔！

跑完之後，沒意外就可以用了～

之後可以試跑Example code來測試，個人覺得他的Example其實蠻坑的，Example code一點也不simple，上來就是直接跑正式的，為什麼我這樣說呢？

因為example 1跑蠻快的，然後example 2的recon-all就會跑很～久。

我讓example 2跑了兩個多小時就先喊停了哈哈

有空可以測試看看自己的電腦效能好不好哈哈哈，聽忘記哪個線上課程的老師說實測6～24小時不等。

就這樣，掰。

參考

FreeSurfer Download and Install